蓄电池sph16-蓄电池显示红色还能开吗
简述信息一览：
Qiime1-16.LEfSe输入文件如何生成?如何使用LEfSe?
Lefse每个软件的输入文件一样。因为LEfSe的输入文件要求将微生物丰度表和metadata合并在一起，而qiime1中将丰度表和metadata的表是分开的，首先要将两张表格合并，可以实现多个分组之间的比较，还进行分组比较的内部进行亚组比较分析，从而找到组间在丰度上有显著差异的物种。
运行LEfSe软件主要分三大步骤：第一步：需要把普通的物种、基因等等的丰度信息的表格转化成LEfSe识别的格式。这一步会生成.in结尾的文件 第二步：这一步也是最关键的一步，统计显著差异的biomarker、统计子组组间差异、统计effect sizes（LDA score），会生成.res格式的文件。
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我们可以从多个角度、层面对OTU表进行分析。 首先可以从 Alpha多样性 的层面了解微生物的组成多样性，常用的指数有 Shannon、Chao1 等。然后可以进一步分析 Beta多样性 ，主要我们会***用 PCA和PCoA 的方法，探究不同的组别微生物是否存在差异，以及是哪些因素影响了微生物的组成。
除了使用qiime1以外，我们还可以使用Koeken工具产生输入文件。该工具可将LEfSe直接与QIIME数据一起用于快速分析。 它的构建使用户可以使用LEfSe分析他们的16s rRNA数据，而无需手动更改meta数据信息并将数据上传到Galaxy。通常，此meta变量是关于数据的时间特征，以便于我们可以查看每个时间点的生物标记分类单元。
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